Απαλλαγή από τον ΦΠΑ, σύμφωνα με την ΠΟΛ. 1128/97, δικαιούνται τα έργα που χρηματοδοτούνται αποκλειστικά από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή και στα οποία η σύμβαση χρηματοδότησης (Grant Agreement) υπογράφεται από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή ή από κάποιο Οργανισμό, ο οποίος έχει την εξουσιοδότηση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.

Οι δαπάνες που απαλλάσσονται από τον ΦΠΑ, σύμφωνα με την ΠΟΛ. 1128/97, από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή είναι οι εξής:

• Αγορά μηχανολογικού ή λοιπού εξοπλισμού.
• Παροχή υπηρεσιών που αφορούν την εγκατάσταση του προηγούμενου εξοπλισμού.
• Αγορά λογισμικού.

Η διαδικασία προς την αρμόδια ΔΟΥ διεκπεραιώνεται από τη ΜΟΔΥ ΕΛΚΕ και απαιτεί την υποβολή των παρακάτω δικαιολογητικών από τον/την ΕΥ.

Τα δικαιολογητικά που απαιτούνται για τη χορήγηση της απαλλαγής είναι τα ακόλουθα:

1. Αντίγραφο του συμβολαίου του προγράμματος χωρίς τα τεχνικά χαρακτηριστικά που αναφέρονται σε ορισμένα παραρτήματα.
2. Μετάφραση του συμβολαίου του προγράμματος χωρίς τα τεχνικά χαρακτηριστικά στα ελληνικά (όχι επικυρωμένη).
3. Βεβαίωση για την πιστότητα μετάφρασης του συμβολαίου.

Τα παραπάνω υποβάλλονται μόνο κατά την αρχική αίτηση απαλλαγής που πραγματοποιείται στο έργο. 

1. Αίτηση του/της ΕΥ για απαλλαγή από τον ΦΠΑ κατά την προμήθεια μηχανολογικού ή λοιπού εξοπλισμού ή υπηρεσίας ή λογισμικού, που αποτελούν τη Βασική Προϋπόθεση για την εκτέλεση του προγράμματος. Για κάθε τιμολόγιο χορηγείται ξεχωριστή απαλλαγή .
2. Βεβαίωση της/του ΕΥ ως προς την αναγκαιότητα της εκτέλεσης της δαπάνης ή της συγκεκριμένης υπηρεσίας για την ολοκλήρωση του έργου.
3. Υπεύθυνη Δήλωση του/της ΕΥ με το ακόλουθο κείμενο: «α. Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας του Δ.Π.Θράκης έχει συμβληθεί με την Ευρωπαική Επιτροπή για την εκτέλεση του ερευνητικού προγράμματος με τίτλο “………….” με αριθμό συμβολαίου ……….. και Κ.Ε 88888 και πρόκειται για υποκείμενο στο ΦΠΑ οργανισμό (Α.Φ.Μ 999975749) υπαγόμενο στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ. β. Ο τόπος εγκατάστασης του εξοπλισμού είναι το Τμήμα ……, Διεύθυνση……….. , και γ. ότι τα αγαθά ή οι υπηρεσίες κατά περίπτωση που περιγράφονται στον ανωτέρω πίνακα είναι απαραίτητα για την πραγματοποίηση του παραπάνω ερευνητικού προγράμματος».

7. Απαιτείται η έκδοση προτιμολογίου ή proforma invoice από την προμηθεύτρια εταιρεία με τα ακόλουθα στοιχεία: Επωνυμία, Διεύθυνση, ΑΦΜ. Στο προτιμολόγιο/proforma Invoice πρέπει να υπάρχει αναλυτική περιγραφή του εξοπλισμού ή της υπηρεσίας, όπως θα αναγραφούν στο τιμολόγιο που θα εκδοθεί, καθώς και η αντίστοιχη αξία και ο ΦΠΑ, για τον οποίο ζητείται απαλλαγή.  Επίσης, πρέπει να αναγράφεται ότι δεν παρακρατείται η κυριότητα των αγαθών τα οποία είναι καινούργια και αμεταχείριστα.
8. Αναλυτικός πίνακας επενδυτικών αγαθών στον οποίο αναγράφονται τα στοιχεία της προμηθεύτριας εταιρείας και περιγράφονται αναλυτικά τα αγαθά ή οι υπηρεσίες, όπως ακριβώς αναφέρονται στο προτιμολόγιο.  Επίσης, πρέπει να αναγράφεται ότι δεν παρακρατείται η κυριότητα των αγαθών τα οποία είναι καινούργια και αμεταχείριστα.

Η αρμόδια Δημόσια Οικονομική Υπηρεσία (ΔΟΥ) είναι πιθανόν να ζητήσει και περαιτέρω στοιχεία, τα οποία θα ζητηθούν από την/τον ΕΥ. Η βεβαίωση απαλλαγής ΦΠΑ εκδίδεται από την ΔΟΥ Ξάνθης.

• Έκδοση του τιμολογίου εντός δύο (2) μηνών από την έκδοση της βεβαίωσης απαλλαγής. Στο τιμολόγιο θα πρέπει να αναγράφονται τα serial numbers των αγαθών. Επίσης στο τιμολόγιο πρέπει να αναγράφεται το λεκτικό: Δεν εισπράττεται ο ΦΠΑ, υπόχρεος για την καταβολή του είναι ο ΕΛΚΕ ΔΠΘ με την περιοδική δήλωση βάσει της ΠΟΛ1128/1997, σύμφωνα με την βεβαίωσηαπαλλαγής ΦΠΑ μ,ε αρ.πρωτ…………/…-…-20…, της ΔΟΥ Ξάνθης.
• Κατάθεση του τιμολογίου στον ΕΛΚΕ εντός δέκα (10) ημερών από την ημερομηνία έκδοσής του.
• Γνωστοποίηση στον ΕΛΚΕ της έναρξης χρήσεως του επενδυτικού αγαθού από την/τον ΕΥ εντός πέντε (5) ημερών από την ημερομηνία χρήσης.

Για αγορά εξοπλισμού  ο/η ΕΥ προσκομίζει βεβαίωση εγκατάστασης εξοπλισμού.