Η διοικητική δομή της Μονάδας αποτελείται από τα παρακάτω τμήματα και γραφεία:

Τμήμα Διασφάλισης Ποιότητας και Διαχείρισης Πληροφοριακού Συστήματος

Τμήμα Γραμματείας και Πρωτοκόλλου

Τμήμα Προγραμματισμού, Παρακολούθησης Έργων και Ερευνητικών Αποτελεσμάτων

• Γραφείο Υποβολής Προτάσεων
• Γραφείο Αξιοποίησης Ερευνητικών Αποτελεσμάτων
• Γραφείο Παρακολούθησης Έργων

Τμήμα Διαχείρισης Έργων

Τμήμα Προμηθειών Αγαθών και Υπηρεσιών

Τμήμα Λογιστηρίου

• Γραφείο Εσόδων

Τμήμα Ταμειακής Διαχείρισης και Χρηματοοικονομικών Συναλλαγών

Τμήμα Παρακολούθησης Έργων Καβάλας – Δράμας

Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης Καβάλας – Δράμας

Γραφείο Νομικής Υποστήριξης – αυτοτελές