Η διοικητική δομή της Μονάδας αποτελείται από τα παρακάτω τμήματα και γραφεία:

Τμήμα Διασφάλισης Ποιότητας
Τμήμα Γραμματείας και Πρωτοκόλλου

• Γραφείο Διαχείρισης Πληροφοριακού Συστήματος
• Γραφείο Διοικητικής Υποστήριξης του Πανεπιστημιακού Κέντρου Έρευνας και Καινοτομίας
• Γραφείο Διοικητικής Υποστήριξης της Επιτροπής Ηθικής και Δεοντολογίας

Τμήμα Προγραμματισμού, Παρακολούθησης Έργων και Ερευνητικών Αποτελεσμάτων

• Γραφείο Υποβολής Προτάσεων
• Γραφείο Αξιοποίησης Ερευνητικών Αποτελεσμάτων
• Γραφείο Παρακολούθησης Έργων
• Μονάδα Μεταφοράς Τεχνολογίας και Καινοτομίας
• Γραφείο Διοικητικής Υποστήριξης του Κόμβου Καινοτομίας ΔΠΘ
• Γραφείο Διοικητικής Υποστήριξης της Θερμοκοιτίδας Νεοφυών Επιχειρήσεων

Τμήμα Διοικητικών και Οικονομικών Συναλλαγών
Τμήμα Προμηθειών Αγαθών και Υπηρεσιών
Τμήμα Λογιστηρίου

• Γραφείο Λογιστηρίου
• Γραφείο Εσόδων

Τμήμα Ταμειακής Διαχείρισης και Χρηματοοικονομικών Συναλλαγών

• Γραφείο Ταμειακής Διαχείρισης Καβάλας – Δράμας

Τμήμα Νομικής Υποστήριξης της ΜΟΔΥ

• Γραφείο Νομικής Υποστήριξης της ΜΟΔΥ