Το νομικό πλαίσιο λειτουργίας του ΕΛΚΕ καθορίζεται από την κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων ΚΥΑ/679/22.8.1996 (ΦΕΚ 826, τ. Β’), όπως αυτή κυρώθηκε με το άρθρο 36 του Ν.3794/2009 (ΦΕΚ 156, τ. Α’) και τροποποιήθηκε με τα άρθρα 36 και 37 του Ν.3848/2010 (ΦΕΚ 71, τ. Α’) και το άρθρο 377 παρ. 1, περ.81 του Νόμου 4412/2016 (ΦΕΚ 147 τ. Α’). Επιπρόσθετα, στηρίζεται στους Ν. 4009/2011 και 4310/2014 και συμπληρώνεται, από τον Οδηγό Χρηματοδότησης και Διαχείρισης, ο οποίος εγκρίθηκε με την αριθμ. 35/629/16.10.2008 απόφαση της Συγκλήτου του ΔΠΘ και δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ 416/2009, τεύχος Β’, σύμφωνα με την εξουσιοδοτική διάταξη του άρθρου 3, παρ. 2, εδάφιο α’ του Νόμου 3027/2002 (ΦΕΚ 152, τ. Α’) και όπως ο οδηγός χρηματοδότησης και διαχείρισης τροποποιήθηκε με τα ΦΕΚ1844/2010, ΦΕΚ 1783/2011, ΦΕΚ594/2012 και ΦΕΚ3427/2013. Επίσης το νομικό πλαίσιο λειτουργίας του ΕΛΚΕ καθορίζεται από το νέο Νόμο 4485/2017 – ΦΕΚ 114/Α/4-8-2017, «Οργάνωση και λειτουργία της ανώτατης εκπαίδευσης, ρυθμίσεις για την έρευνα και άλλες διατάξεις».