Ο Ε.Λ.Κ.Ε. είναι διακριτή νομική και οικονομική οντότητα από αυτή του Α.Ε.Ι., χωρίς νομική προσωπικότητα, και αποδίδεται σε αυτόν διαφορετικός Αριθμός Φορολογικού Μητρώου.
Η διοίκηση και διαχείριση του ΕΛΚΕ πραγματοποιείται από τα όργανά του και είναι διακριτή από τα όργανα διοίκησης του ΑΕΙ στο οποίο λειτουργεί.
Όργανα διοίκησης και διαχείρισης του ΕΛΚΕ είναι:
α. Η Επιτροπή Ερευνών.
β. Ο Πρόεδρος της Επιτροπής Ερευνών.
γ. Η Μονάδα Οικονομικής και Διοικητικής Υποστήριξης (ΜΟΔΥ) του ΕΛΚΕ, η οποία είναι η αρμόδια διοικητική δομή με αποστολή τη διοικητική και οικονομική διαχείριση των ερευνητικών έργων/προγραμμάτων που εκτελούνται μέσω του Ε.Λ.Κ.Ε. του Α.Ε.Ι. καθώς και την οικονομική διαχείριση των ίδιων πόρων του Ε.Λ.Κ.Ε. του Α.Ε.Ι.
δ. Ο Προϊστάμενος της Μονάδας Οικονομικής και Διοικητικής Υποστήριξης (ΠΜΟΔΥ) προΐσταται των υπηρεσιών της και έχει τις αρμοδιότητες, τα καθήκοντα και τις υποχρεώσεις των άρθρων 25, 26 και 69Γ του ν. 4270/2014 (Α’ 143), όπως εξειδικεύονται στον Ν. 4957/2022, καθώς και τις αρμοδιότητες που προβλέπονται στον Οργανισμό και όσες τυχόν μεταβιβάζονται από τον Πρόεδρο της Επιτροπής Ερευνών, σύμφωνα με την παρ. 3 του άρθρου 233 του Ν. 4957/2022. Τα καθήκοντα του Προϊσταμένου Οικονομικών Υπηρεσιών (Π.Ο.Υ.) του Ε.Λ.Κ.Ε. δεν δύναται να ανατίθενται στον Π.Ο.Υ. του Α.Ε.Ι.
Η Επιτροπή Ερευνών και Διαχείρισης του ΕΛΚΕ είναι το αποφασιστικό όργανο του ΕΛΚΕ και είναι διακριτό από τα όργανα διοίκησης του οικείου ΑΕΙ. Η Επιτροπή Ερευνών αποτελείται από έναν (1) εκπρόσωπο από κάθε Σχολή, με τον αναπληρωτή του και τον Πρύτανη ή τον Αντιπρύτανη, εάν έχει ανατεθεί ο τομέας της έρευνας σύμφωνα με την παρ. 2 του άρθρου 15 του Ν. 4957/2022 σε έναν από τους Αντιπρυτάνεις, ως Πρόεδρό της. Εάν το Α.Ε.Ι. διαθέτει αριθμό Σχολών ίσο ή μικρότερο των τριών (3), στην Επιτροπή Ερευνών συμμετέχουν δύο (2) εκπρόσωποι με τους αναπληρωτές τους από κάθε Σχολή του Α.Ε.Ι., οι οποίοι προέρχονται κατά το δυνατόν από διαφορετικά Τμήματα. Η Επιτροπή συγκροτείται σε κάθε Α.Ε.Ι. με απόφαση του Συμβουλίου Διοίκησης, κατόπιν εισήγησης του Πρύτανη του Α.Ε.Ι. και πρότασης της Κοσμητείας κάθε Σχολής ως προς τους εκπροσώπους της.